در بخشنامه محمد مسیحی آمده است: به منظور تسهیل در فرآیند اجرایی استرداد مالیات و عوارض ارزش افزوده به مؤدیان در اجرای تبصره (۱) ماده (۱۷) قانون مالیات بر ارزش افزوده و همچنین پیشگیری از تعلق خسارت تبصره (۶) ماده (۱۷) قانون مذکور، ضمن تأکید بر رعایت بند (۳) بخشنامه شماره ۲۰۰.۹۵.۶۳ مورخ ۱۳۹۵.۰۹.۳۰ در رابطه با استرداد علی‌الحساب به میزان ۸۰درصد از مالیات و عوارض ارزش افزوده مندرج در صورت حساب ارائه شده به صادرکنندگان کالا با رعایت شرایط مربوط، مقرر می‌دارد:
۱- در مواردی که مؤدیان مشمول نظام مالیات بر ارزش افزوده یا رعایت بندهای ۳-۸ و ۴-۸ دستورالعمل رسیدگی و استرداد مالیات و عوارض مؤدیان نظام مالیات بر ارزش افزوده که طی بخشنامه شماره ۲۶۰.۹۴.۵۸ مورخ ۱۳۹۴.۰۶.۰۸ جهت اجرا به ادارات کل امور مالیاتی ابلاغ شده، درخواست استرداد اضافه پرداختی مالیات و عوارض ارزش افزوده را نموده‌اند چنانچه نتیجه رسیدگی دوره/ دوره‌های مالیاتی مورد نظر منجر به بستانکاری (اضافه پرداختی مالیات و عوارض ارزش افزوده) مؤدی شود و مراتب طی برگ مطالبه/ استرداد ابلاغ و مؤدی در موعد مقرر قانونی اعتراض خود را به اداره امور مالیاتی ذی‌ربط جهت رفع اختلاف تسلیم و رفع اختلاف نشده و پرونده جهت رسیدگی به هیأت حل اختلاف مالیاتی احاله شود، در صورت ارائه درخواست استرداد علی‌الحساب از سوی مؤدی تا قبل از قطعیت مالیات و عوارض ارزش افزوده دوره / دوره‌های مالیاتی موصوف، ادارات امور مالیاتی مکلفند نسبت به استرداد مالیات و عوارض ارزش افزوده تا سقف برگ مطالبه/ استرداد پس از کسر استردادهای موقت/ علی‌الحساب انجام شده برای دوره/ دوره‌های مالیاتی موردنظر اقدام لازم را به عمل آورند. بدیهی است پس از قطعیت مالیات و عوارض ارزش افزوده دوره/ دوره‌های مالیاتی مورد بحث و در صورت تعدیل اضافه پرداختی، ادارات امور مالیاتی می‌بایست حسب مقررات نسبت به استرداد مانده تعدیل یافته اقدام نمایند.
تذکر (۱): بند (۶-۸) دستورالعمل رسیدگی و استرداد مالیات و عوارض مؤدیان نظام مالیات بر ارزش افزوده حذف می‌گردد.
تذکر (۲): استرداد مالیات و عوارض ارزش افزوده، صرفاً در صورت عدم وجود بدهی قطعی شده و بدهی ابرازی تا تاریخ صدور برگ مطالبه/ استرداد امکان‌پذیر خواهد بود.
۲- در مواردی که مؤدیان بابت دوره‌های مالیاتی مختلف دارای بدهی قطعی و بستانکاری (اضافه پرداختی مالیات و عوارض ارزش افزوده) قطعی شده می‌باشند چنانچه مؤدی درخواست استرداد مالیات و عوارض ارزش افزوده دوره / دوره های مالیاتی مربوط را طبق مقررات تسلیم اداره امور مالیاتی ذی‌ربط نموده و مبلغ بستانکاری را نیز به دوره/ دوره‌های مالیاتی بعد انتقال نداده باشد، در این صورت حسب درخواست مؤدی مبنی بر تهاتر طلب با بدهی قطعی شده، ادارات امور مالیاتی می‌بایست نسبت به تهاتر طلب و بدهی قطعی شده مؤدیان مذکور اقدام لازم را به عمل آورند.