تشخیص مالیات باید بر اساس ماخذ صحیح و متکی به دلایل و اطلاعات کافی باشد (ماده ۲۳۷ ق. م. م) ولی در برخی موارد مؤدیان مدعی به عدم رعایت قوانین و مقررات و تشخیص مالیات به صورت خودسرانه می‌باشند. در این صورت، قانون جهت رعایت حال مؤدیان و ایجاد اعتماد آنان امکان اعتراض به تشخیص دستگاه مالیاتی را فراهم نموده است.
امکان اعتراض به عملکرد دستگاه مالیاتی از ابتدایی‌ترین حقوق مؤدیان می‌باشد. لذا علاوه بر اینکه به میزان مالیات یا امکان تعدیل و رعایت مقررات قانونی امکان اعتراض به مالیات وجود دارد، تخلفات انتظامی ماموران مالیاتی نیز قابل تعقیب است.
مراحل و مبادی اعتراض به شرح زیر است:
مراجع اداری
هیات حل اختلاف مالیاتی بدوی
شورای عالی مالیاتی
هیئت مقرر در ماده ۲۵۱ ق.م.م مکرر
دیوان عدالت اداری
مراحل پی گیری اعتراض مالیاتی:
مرحله اول: مراجع اداری:
مؤدی ظرف سی روز پس از ابلاغ برگ تشخیص می‌تواند به مندرجات برگ تشخیص اعتراض نماید. در ابتدا جهت کوتاه نمودن مسیر رسیدگی، اعتراض به صورت اداری مورد رسیدگی قرار می‌گیرد.
رد در این مرحله به معنای منتفی دانستن برگ تشخیص مالیات می‌باشد. لذا برگ تشخیص صادر و مالیات مؤدی منتفی می‌گردد. در مهلت مقرر معمولا برگ تشخیص جدید صادر نمی‌نمایند بلکه برگ قطعی۲ مالیات را صادر می‌نمایند و یا اگر اسناد و مدارک را موثر در تعدیل درآمد تشخیص دهد آن را تعدیل می‌نماید.
تعدیل در این مرحله به معنای کسر نمودن ماخذ مالیات نسبت به صدور برگ تشخیص صادره می‌باشد. لذا در هر دو مورد در صورتی که موجبات رضایت مؤدی فراهم گردد ظهر برگ تشخیص به امضای مؤدی و و مسئول مربوطه برسد اختلاف موجود بین مؤدی و دستگاه مالیاتی حل و فصل گردیده و پرونده مختومه می‌گردد و مؤدی موظف به پرداخت مالیات متعلق خواهد بود. در غیر این صورت، پرونده جهت رسیدگی به هیئت حل اختلاف مالیاتی ارجاع می‌گردد.
رسیدگی در هیئت‌ها اصولا به صورت حضوری است و مؤدی یا نماینده وی و نیز نماینده اداره امور مالیاتی می‌توانند در جلسه رسیدگی حاضر شوند.
مرحله دوم: هیئت حل اختلاف مالیاتی بدوی:
رسیدگی‌های خارج از دستگاه قضایی که امروزه در اکثر قوانین مرسوم و پدید آمده است به نظر تدوین‌کنندگان آن تسریع در رسیدگی و جلوگیری از اطاله دادرسی است و از سوی دیگر این هیئت‌ها یا کمیسیون‌ها به صورت تخصصی به موضوع رسیدگی می‌نمایند.
نکته حائز اهمیت اینکه جنبه استقلال و بی‌طرفی هیئت عموما مورد تردید واقع می‌گردد و به دفعات آرای این هیئت‌ها در مراجع بالاتر مورد نقض قرار گرفته است. عموما نمایندگان امور مالیاتی خود را مدافع حقوق دستگاه مالیاتی می‌دانند، در حالی که چنین برداشت و تفسیری از قانون برنمی‌آید.
هر هیئت حل اختلاف مالیاتی از سه نفر تشکیل خواهد شد:
یک نفر نماینده سازمان امور مالیاتی کشور
یک نفر قاضی اعم از شاغل یا بازنشسته
یک نفر نماینده تشکل‌ها یا مجامع حرفه‌ای
اعضای هیئت‌ها دارای استقلال رای و با حفظ بی‌طرفی کامل بایستی به موضوع رسیدگی نمایند و رسمیت جلسه با حضور سه نفر اعضا می‌باشد لیکن در رای‌گیری اکثریت مناط اعتبار است.
سازمان امور مالیاتی، اداره امور هیئت‌های حل اختلاف را بر عهده خواهد داشت و حق‌الزحمه اعضا از بودجه سازمان تامین خواهد شد.
مؤدی مالیاتی و دستگاه مالیاتی می‌توانند نماینده‌ای را جهت حضور در جلسه اعزام دارند، لیکن عدم حضور آنان مانع از رسیدگی هیئت نخواهد شد و با توجه به اصلاح ماده ۲۴۷ ق.م.م مصوب ۱۳۸۸ آرای هیئت حل اختلاف بدوی غیرقطعی و قابل اعتراض در هیئت حل اختلاف تجدیدنظر می‌باشد.
مراحل پی گیری اعتراض مالیاتی:
مرحله سوم: هیئت حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر:
در اصلاحات قانون مالیات‌های مستقیم در سال ۱۳۸۰ ماده ۲۴۷ از مواد قانون مالیات‌ها حذف گردید و در واقع رسیدگی هیئت‌های حل اختلاف به صورت یک مرحله‌ای درآمد و اعتراض به آرای هیئت حل اختلاف فقط قابل رسیدگی در شورای عالی مالیاتی بود.
لیکن به موجب قانون الحاق یک ماده به عنوان ماده ۲۴۷ به قانون مالیات‌های مستقیم در تاریخ ۲۰/۲/۱۳۸۸ به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید.
به موجب این ماده در صورتی که آرای هیئت حل اختلاف بدوی ظرف بیست روز پس از ابلاغ (طبق ماده ۲۰۳) مورد اعتراض کتبی مؤدی یا ماموران مالیاتی قرار گیرد، قابل رسیدگی در هیئت حل اختلاف تجدیدنظر خواهد بود.
مؤدی ظرف سی روز پس از ابلاغ برگ تشخیص می‌تواند به مندرجات برگ تشخیص اعتراض نماید.
هیئت حل اختلاف تجدیدنظر از سه نفر مندرج در ماده ۲۴۴ تشکیل خواهد شد و با حضور سه نفر جلسه رسمیت دارد. طبیعی است که اعضای هیئت تجدیدنظر نسبت به موضوع مطروحه نبایستی قبلا اظهارنظر داشته یا رای داده باشند.
نظر به اینکه رسیدگی‌های مقرر در شورای عالی مالیاتی یا دیوان عدالت اداری بسیار بطئی و طولانی است، قانون‌گذار پیش‌بینی نموده است که بسیاری از اختلافات مالیاتی در همان مراحل اولیه حل و فصل گردد.
این راه‌حل، هم برای دستگاه مالیاتی سودمند است و هم مؤدیان مالیاتی؛ زیرا دستگاه مالیاتی هرچه سریع‌تر به وصول مالیات می‌پردازد و وضعیت مؤدی نیز روشن و شفاف می‌گردد.
ترتیب رسیدگی در هیات ها:
رسیدگی در هیئت‌ها اصولا به صورت حضوری است و مؤدی یا نماینده وی و نیز نماینده اداره امور مالیاتی می‌توانند در جلسه رسیدگی حاضر شوند.
وقت جلسه بایستی به آنان ابلاغ گردد و تاریخ ابلاغ و روز جلسه نباید کمتر از ده روز باشد، لیکن عدم حضور آنان مانع از رسیدگی هیئت نخواهد بود.
مراحل پی گیری اعتراض مالیاتی:
مرحله چهارم: شورای عالی مالیاتی:
شورای عالی مالیاتی به عنوان مرجع عالی که دارای وظایف مهمی می‌باشد، تلقی می‌گردد و در برخی موارد به عنوان بازوی مشورتی رئیس کل سازمان امور مالیاتی یا وزیر امور اقتصادی و دارایی به شمار می‌آید.
شورای عالی مالیاتی مرکب از ۲۵ نفر عضو که از بین اشخاص صاحب‌نظر، مطلع و مجرب در امور حقوقی، اقتصادی، مالی، حسابداری و حسابرسی که حداقل دارای مدرک تحصیلی کارشناسی باشند به پیشنهاد رئیس کل سازمان امور مالیاتی و حکم وزیر امور اقتصادی و دارایی منصوب می‌گردند.
دوره عضویت اعضا سه سال می‌باشد و در این مدت قابل تغییر نیستند.
مراحل پی گیری اعتراض مالیاتی:
مرحله پنجم: هیئت مقرر در ماده ۲۵۱ ق.م.م مکرر:
این مرجع رسیدگی به عنوان یکی از طرق شکایت فوق‌العاده رسیدگی به شکایات از مالیات‌های قطعی می‌باشد که به علت انقضای مهلت‌های اعتراض قابل طرح در مرجع دیگری نیست.
همچنین در مورد مالیات‌های غیرمستقیم نیز این جاری است. دستور رسیدگی در این مرجع که با وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌باشد به هیئتی مرکب از سه نفر به انتخاب وزیر ارجاع می‌گردد.
رای اکثریت قطعی و لازم‌الاجرا می‌باشد. طبیعی است که آرای این هیئت سه نفری نیز قابل شکایت در دیوان عدالت اداری می‌باشد.