هیات‌های موضوع بند ۳ قانون مالیاتهای مستقیم به هیچ وجه در طبقه‌بندی هیات‌های حل اختلاف مالیاتی قرار ندارند. وظیفه‌ای که قانون برای هیات‌های مزبور تعیین کرده است، تایید یا رد دلایلی است که ادارات امور مالیاتی در توجیه ” غیر قابل رسیدگی بودن ” یا ” رد دفاتر ” مودی اقامه نمایند. اعضا این هیات متشکل از سه نفر حسابرس منتخب رئیس کل سازمان امور مالیاتی است . تشکل‌هایی نظیر اتاق بازرگانی در این هیات‌ها نماینده‌ای ندارند.
اما مرجع رسیدگی به کلیه اختلافات مالیاتی به جز در مواردی که ضمن مقررات قانون مالیاتهای مستقیم مرجع دیگری پیش بینی شده باشد، هیأت حل اختلاف مالیاتی است. هیات حل اختلاف مالیاتی (یا بدوی) بر اساس اعتراض مودی تشکیل می گردد.