این سازمان در سال ۱۳۷۹ از ادغام دو سازمان برنامه و بودجه و امور اداری و استخدامی کشور به وجود آمده بود. هریک از دو سازمان یادشده در یک دوره تاریخی و با سیر قانونی خاص خود شکل گرفته بودند. این ادغام از لحاظ شکلی چندان خالی از شبهه نبود، زیرا هریک از دو سازمان پیشین با تصویب مجلس و بر پایه وظایف قانونی مصوب مجلس تاسیس شده بودند، ولی ادغام آنها با تصویب شورایعالی اداری صورت گرفت. مهم‌تر از ایراد شکلی، ایراد محتوایی آن بود، زیرا دلایل ادغام چندان مستدل و استوار نبود. تجربه سال‌های پس از ادغام، این واقعیت را ثابت کرد، زیرا این دو سازمان عملا در قالب دو معاونت از یک سازمان به‌صورت جداگانه به کار خود ادامه می‌دادند و هیچ‌گونه همکاری قابل‌توجهی در میان آنها مشاهده نمی‌شد؛ تا آنکه با حکم رییس‌جمهور منحل شده و استقلال سازمانی خود را نیز از دست دادند. جالب‌تر آنکه پس از انحلال قرار بود وظایف این سازمان در قالب معاونت رییس‌جمهور انجام گیرد، ولی به‌جای این سازمان، عملا دو معاونت جداگانه در ریاست‌جمهوری تشکیل شد، یعنی همان دو معاونت که پیش از انحلال زیر نظر یک رییس سازمان قرار داشتند. تشکیل دو معاونت رییس‌جمهور به‌جای یک سازمان منحل‌شده، در واقع خط بطلانی بود بر آن ادغام صوری و ناموجه.   در روزهای پایانی دولت دهم به همان اندازه که خبر انحلال سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی، ناامیدکننده و یأس‌آور بود، وعده بازگشایی آن، که در رقابت‌های انتخاباتی اخیر از سوی برخی نامزدهای ریاست‌جمهوری مطرح شد، بسیار امیدوارکننده و نویدبخش بود. اکنون این پرسش مطرح است که اگر ادغام دو سازمان پیشین عملا تجربه موفقی نبود، چرا باید این سازمان دوباره با همان ساختار دوپاره احیا شود؟ آیا هنوز برای مسوولان نیاز به جداسازی مطرح نشده و بازهم قرار است این سازمان به همان صورت دوپاره و دونیمه جدا از هم به کار خود ادامه دهد؟ پزشکان در جراحی دوقلوهای به‌هم‌چسبیده اول بررسی می‌کنند که آیا اعضا و جوارح حیاتی مشترکی میان دوقلوها وجود دارد؟ که در اینصورت جراحی خطرناک یا مشکل می‌شود. ولی خوشبختانه جداسازی این دوقلو به‌هم‌چسبیده هیچ خطری ندارد، زیرا فقط از پوست به هم چسبیده‌اند!
اگر می‌توانستیم به گذشته برگردیم و فرض کنیم که آن ادغام نابجا و ناموفق، اصلا صورت نگرفته، می‌توانستیم تصور کنیم این دو سازمان اکنون در چه وضعیتی قرار داشتند. مسلما هیچ‌کدام از آنها در وضعیت سنتی و قدیمی خود درجا نمی‌زدند. همچنانکه در سیر تکامل تاریخی خود نیز چنین نبودند و همراه با تحولات تدریجی و نیاز زمان همواره حرکتی روبه‌جلو داشتند. نه سازمان برنامه و بودجه در مواجهه با مشکلات امروز جامعه و مهم‌تر از همه مشکل اشتغال‌آفرینی برای انبوه جویندگان کار می‌توانست خود را صرفا مجری قانون برنامه و بودجه مصوب سال ۱۳۵۱ بداند و نه سازمان امور اداری و استخدامی کشور می‌توانست همچون گذشته و به ‌روال سنتی به تمشیت امور مستخدمین دولت بپردازد و خود را صرفا مجری قانون استخدام کشوری مصوب سال ۱۳۴۵ بداند؟ روشن است که چنین نمی‌شد و تحولاتی کم‌وبیش، چه خودخواسته و چه ناگزیر، در هر دو سازمان پدیدار می‌شد، ولی آن ادغام نابجا و آن انحلال ویرانگر همچون دو ضربه کاری بر پیکر هر دو سازمان فرود آمد و چالش‌های ناخواسته‌ای به بار آورد که فرصت تحول تدریجی را از هر دو آنها گرفت.
اکنون بهتر است به آینده بنگریم، به امیدها و آرزوهای مردم، به وعده‌های اصلاح شیوه اداره کشور، به مشکلات پیش‌رو و به‌ویژه مشکل بیکاری که آمار واقعی آن از چشم مردم پنهان است ولی درد آن را مردم کاملا احساس می‌کنند. سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی با وظایف نامنسجم فعلی خود جایگاه روشنی ندارد و نمی‌تواند پاسخگوی نیاز امروز جامعه و امیدواری مردم از بازگشایی آن باشد، زیرا اساسا قانون مدونی به‌نام «قانون مدیریت و برنامه‌ریزی» وجود ندارد. اگرعمل جراحی لازم برای جداسازی این دوقلو به‌هم‌چسبیده به موقع انجام نشود فرصت حرکت از هردو گرفته خواهد شد. دو سازمان جداگانه لازم است با دو گروه وظایف مشخص، البته نه با همان عناوین و وظایف و ساختار دو سازمان قبلی. یک سازمان برای نظارت راهبردی بر مدیریت منابع انسانی دولت برپایه دستاوردهای امروز دانش مدیریت و یک سازمان برای تدوین برنامه‌های سالانه و میان‌مدت اداره کشور و نظارت راهبردی بر اجرای آن. همان‌گونه که برای مشاغل غیردولتی قانونی به‌نام «قانون کار» وجود دارد و وزارتخانه‌ای متولی آن است. مشاغل دولتی نیز به یک قانون مستقل و یک سازمان متولی نیاز دارد. مطالعات تطبیقی در کشورهای دیگر نیز این نظر را اثبات کرده است. در هیچ کشور دیگر، چه توسعه‌یافته و چه درحال‌توسعه، وزارتخانه یا سازمان واحدی مشابه سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی با این وظایف غیرمنسجم نمی‌توان یافت. سنخیت وظایف نخستین اصل سازماندهی است. اگر وظایف این دو سازمان به‌خوبی تفکیک و تدوین و سازماندهی شود، در نام‌گذاری یقینا مشکلی پیش نخواهد آمد.