متن بند ۷ بخشنامه مورد اعتراض شاکی به قرار زیر است:
۷- در اجرای بخشنامه شماره ۲۲۱۴۶۵ – ۶/ ۱۰/ ۱۳۸۹ معاونت حقوقی رییس‌جمهور، اعلام پیشنهاد تنقیحی درباره قوانین و مقررات مرتبط توسط دستگاه‌های اجرایی تنها پس از موافقت و هماهنگی و اتخاذ نظر واحد در دولت به دستگاه‌های فراقوه‌ای و نظارتی مجاز خواهد بود.»
متن بخشنامه شماره ۲۲۱۴۶۵ – ۶/ ۱۰/ ۱۳۸۹ معاون حقوقی رئیس‌جمهور به قرار زیر است:
«بخشنامه به کلیه وزرا و معاونین محترم رئیس‌جمهور
نظر به این که پیشنهاد تنقیح قوانین و نیز انجام آن در مقررات مستلزم آن است که نظر دستگاه‌های اجرایی مرتبط اخذ و به طور هماهنگی بر اساس قواعد و اصول مشترک انجام پذیرد و از طرفی مسؤولیت هماهنگی امور حقوقی دستگاه‌های اجرایی بر عهده معاونت حقوقی رئیس جمهور محول شده و در دستورالعمل اصلاحی «تهیه و پیشنهاد لوایح و تصویب‌نامه‌ها و به هنگام نگهداشتن آن در سامانه قوانین و مقررات جمهوری اسلامی ایران» (موضوع بخشنامه ۵۳۰۰۸ – ۹/ ۳/ ۱۳۸۹ ریاست‌جمهوری) ضوابط کلی، شکلی و محتوایی این امر معین شده است.
علی‌هذا مقتضی است کلیه دستگاه‌های اجرایی پیشنهادهایی که برای تنقیح قوانین و نیز نظراتی را که در مورد نسخ و تنقیح تصویب‌نامه‌های دولت و یا کارگروه‌های وزرا و تصمیمات نمایندگان ویژه و شوراهای عالی دارند به معاونت حقوقی رئیس جمهوری ارسال تا از این طریق با اخذ نظر از حوزه‌های حقوقی دستگاه‌های مرتبط، نظر هماهنگ شده در سامانه قوانین و مقررات درج گردد و پیشنهاد نهایی تنقیحی آنها توسط معاونت یاد شده برای تصمیم‌گیری دولت یا کارگروه وزرا و نمایندگان ویژه و یا شورای مربوط با توجه به مسؤولیت‌های رئیس جمهور و وزراء در اجرای قوانین (موضوع اصل ۱۳۴ قانون اساسی) ارائه شود.
ضمناً در مورد ورود مقررات داخلی دستگاه‌های اجرایی به سامانه قوانین و مقررات جمهوری اسلامی ایران که طبق ماده (۸) دستورالعمل فوق‌الذکر، شش (۶) ماه مهلت برای آن تعیین شده مقتضی است کارگروهی تعیین و نام و مشخصات مسؤولان و واحدهای حقوقی دستگاه‌های تابعه را با توجه به بند (۳) دستورالعمل ساختار و شرح وظایف واحدهای حقوقی دستگاه‌های اجرایی (که با امضای مشترک معاونت توسعه مدیریت و سرمایه انسانی طی نامه شماره ۹۰۵۹۴ ۲۷/ ۴/ ۱۳۸۹ ابلاغ شده) اعلام فرمایند تا اقدام لازم در اجرای دستورالعمل مزبور انجام گردد.
بدیهی است پیشنهاد تنقیح قوانین توسط دستگاه‌های اجرایی با توجه به اصول قانون اساسی به صورت لایحه بعد از تصویب هیات وزیران به مجلس شورای اسلامی ارائه خواهد شد.»
در پاسخ به شکایت مذکور، معاون امور حقوقی دولت (حوزه معاونت حقوقی رئیس‌جمهور)، به موجب لایحه شماره ۲۴۰۵۶۱/۱۴۱۷۸ – ۶/ ۱۲/ ۱۳۹۱ اعلام کرده است که:
« پاسخ:
3-1- وظیفه دستگاه‌های اجرایی به ارائه موارد تنقیح قوانین به معاونت مجلس شورای اسلامی مانع از اعمال اصول (۱۳۴ و ۱۳۸) قانون اساسی برای هماهنگی وزرا در اجرای قوانین نمی‌باشد به خصوص این که مسؤولیت اجرای بسیاری از قوانین منحصر به یک دستگاه نیست.
در نتیجه در اعلام نظر تنقیحی باید نظر دیگر دستگاه‌های مسؤول نیز اخذ شود حتی در مورد قوانین مالیاتی که ممکن است در بدایت امر مجری آن یک وزارتخانه تلقی شود لیکن در امور مختلف کشور حکم دارد و صرف ارائه نظر تنقیحی یکی از دستگاه‌ها مشکلات فراوانی را ایجاد خواهد کرد.
3-2- مطابق اصل (۱۳۴) قانون اساسی، رییس جمهور باید با هماهنگی وزرا قوانین را اجرا کند و یکی از قوانین همین قانون تدوین و تنقیح قوانین کشور است، لذا از این جهت نیز لازم است هماهنگی در اجرای این قانون ایجاد شود.
3-3- ارائه نظرات تنقیحی توسط دستگاه‌های اجرایی باید بر اساس قواعد مشترک صورت گیرد.
از جمله چنانچه در مورد احکام عام لاحق برخی دستگاه‌ها آن را ناسخ قوانین خاص مقدم و برخی نظر به عدم نسخ داشته و نظرات متفاوتی بر این اساس بدهند هماهنگی موضوع اصل (۱۳۴) قانون اساسی رعایت نشده است و مشکلات فراوان جدیدی برای تنقیح قوانین ایجاد خواهد کرد.
3-4- وظیفه جمع‌آوری و تنقیح قوانین در قانون یاد شده بر عهده معاونت قوانین مجلس شورای اسلامی محول شده است و اصولاً امکان واگذاری وظایف قانونی به سازمان بازرسی کل کشور وجود ندارد.
3-5- در سامانه قوانین و مقررات جمهوری اسلامی ایران که معاونت حقوقی با هماهنگی دستگاه‌ها طراحی کرده اطلاعات کلیه قوانین با اعمال موارد نسخ صریح در اختیار تمام دستگاه‌ها و آحاد مردم از جمله معاونت قوانین مجلس و سازمان بازرسی کل کشور قرار گرفته است و از این جهت تکلیف دستگاه‌های اجرایی درمورد اعلام موارد تنقیح صریح قوانین ارائه کلیه اطلاعات از طریق سامانه یاد شده انجام یافته است.
یکی از امتیازات این سامانه آن است که متن هر قانون در پرده‌های زمانی به روشنی ارائه شده در نتیجه در مواردی که به عنوان مثال قانونی لغو شده متن قانون برای مسائل و وقایع زمان قبل از لغو نیز قابل دسترسی است؛ زیرا لغو قانون ناظر به آینده است و موجب نمی‌شود قوانین یاد شده برای مسائل مربوط به زمان اعتبار آنها قابل استناد نباشد مانند این که تغییر مجازات در قوانین جزایی موجب عدم اعتبار مجازات‌های قبلی که خفیف‌تر بوده نمی‌شود همین طور است تکالیف مالیاتی مقرر که بر اساس قوانین حاکم در زمان فعالیت، قابل رسیدگی است.
با توجه به مراتب فوق درخواست رد شکایت را دارد.
3-6- ماده (۸) قانون تشکیل سازمان بازرسی کل کشور که در زمره مستندات به آن اشاره شده است ارتباطی با موضوع ندارد؛ زیرا این ماده ناظر بر تحویل اسناد در مواردی است که سازمان بازرسی کل کشور در مقام وظیفه ذاتی و اساسی و قانونی خود اسناد و مدارک مورد نیاز را مطالبه می‌نماید و موضوع پرونده حاضر که تنقیح قوانین است ارتباطی با ماده (۸) نداشته و از آن خروج موضوعی دارد.
3-7- نکته آخر این که زمان مقرر در قانون، آخر تیر ماه ۱۳۹۰ بوده که پایان یافته است و از این جهت نیز طرح شکایت یاد شده موضوعیت ندارد. »
به گزارش ایسنا متن رای شماره 472 هیات عمومی دیوان عدالت اداری در این زمینه به شرح زیر است:
«مطابق بند الف تبصره اصلاحی بند ۱ ماده ۳ قانون اصلاح قانون تدوین و تنقیح قوانین و مقررات کشور مصوب ۱۸/۱۲/۱۳۸۹ مقرر شده است، دستگاه‌های اجرایی موضوع مواد ۵ و ۱۱۷ قانون مدیریت خدمات کشوری و قوه قضاییه به استناد مراجع مذکور در تبصره ماده ۲ قانون موظفند کلیه قوانین مرتبط با حوزه فعالیت خود را که تا پایان سال ۱۳۸۹ تصویب شده است را تنقیح کنند و توسط بالاترین مقام دستگاه خود قوانین معتبر، منسوخ صریح و ضمنی، قوانین معارض و مغایر با یکدیگر و یا موضوع منتفی شده را به تفکیک و با ذکر دلایل آن به معاونت قوانین مجلس شورای اسلامی ارائه کنند. نظر به این که در بخشنامه معترضٌ‌به مقرر شده است، دستگاه‌های مشمول، پیشنهادهای تنقیحی خود را پس از موافقت و هماهنگی و اتخاذ نظر واحد در دولت به دستگاه‌های فرا قوه‌ای و نظارتی ارسال دارند، از حیث این که موجب محدودیت و تضییق در حکم قانونی صدرالذکر شده است، مغایر قانون و خارج از حدود اختیارات به نظر می‌رسد، لذا به استناد بند ۱ ماده ۱۲ و ماده ۸۸ قانون تشکیلات و آیین دادرسی دیوان عدالت اداری مصوب سال ۱۳۹۲، ابطال می‌شود.»