ماده ۱۱- به‌منظور اطمینان یافتن از رعایت مقررات گمرکی، کلیه کالاهایی که به قلمرو گمرکی وارد یا از آن خارج می‌شوند، مشمول تشریفات و کنترلهای گمرکی با استفاده از شیوه‌هایی مانند مدیریت خطر، بازرسیهای منظم یا اتفاقی، به‌کارگیری تجهیزات و شیوه‌های نوین بازرسی، روشهای مبتنی بر حسابرسی و در موارد استثنایی بدرقه یا مراقبت می‌باشند.
ماده ۱۳۳- گمرکها موظفند کلیه پته‌ها، اظهارنامه‌ها و سایر اسناد گمرکی مربوط به ترخیص کالا را پس از امضای پته یا پروانه، حداقل یکبار از نظر اجرای صحیح مقررات و اینکه وجوه گمرکی متعلقه به‌طور صحیح و کامل طبق مقررات وصول شده است، قبل از شمول مرور زمان، ‌مورد بازبینی قرار دهند.
ماده ۱۳۴- گمرک ایران می‌تواند هر تعداد از اظهارنامه‌های گمرکها را که ضروری تشخیص دهد، در مهلت قانونی بازبینی مجدد کند.
تبصره- گمرکها موظفند براساس درخواست گمرک ایران و قبل از انقضای شش ماه مهلت قانونی، اظهارنامه‌ها و اوراق موردنظر را برای بازبینی مجدد ارسال کنند.
فصل چهارم- حسابرسی بعد از ترخیص
ماده ۱۳۴- گمرک ایران مکلف است به‌منظور اطمینان یافتن از رعایت مقررات گمرکی، ظرف ۳ سال از تاریخ صدور سندی که به‌موجب آن کالا از گمرک ترخیص ‌شده و در صورت کشف اسناد خلاف واقع که مشمول قاچاق نشود، درباره ترخیص کالایی که متضمن زیان مالی دولت است و یا امتیازهای غیرموجهی برای صاحب کالا ایجاد نموده باشد به تایید و تشخیص گمرک ایران جریمه‌ای از ۳۰ درصد تا ۳ برابر ارزش کالای موضوع سند مذکور تعیین و دریافت کند. دریافت این جریمه مانع از تعقیبی که حسب مورد طبق مواد مربوط به قانون مجازات اسلامی به‌عمل می‌آید، نیست.
تبصره ۱- در مورد وجوهی که از غیرِ حق با تقلب و تزویر مسترد می‌گردد، علاوه بر وصول اصل مبلغ استردادی جریمه‌ای معادل ۱۰۰درصد آن نیز دریافت می‌شود.
تبصره ۲- صاحبان کالا، شرکتهای حمل و نقل، کارگزاران گمرکی و سایر اشخاص ذیربط مکلفند حسب مورد اسناد و مدارک موجود مورد درخواست گمرک در ارتباط با موضوع مورد رسیدگی را ارائه کنند.
در آیین‌نامه اجرایی قانون امور گمرکی مصوب جلسه مورخ ۱۳۹۱/۱۲/۰۶ هیئت وزیران آمده است:
فصل دوم- حسابرسی پس از ترخیص
ماده ۲۰۱- هدف از حسابرسی پس از ترخیص، بررسی و انطباق اظهارنامه‌های تسلیمی به گمرک با قوانین و مقررات مربوط و پرداخت صحیح حقوق ورودی، مالیاتها و عوارض متعلق است. گمرک ایران می‌تواند جهت اطمینان یافتن و صحت اظهار از طریق بررسی دفاتر، سوابق مالی، نظامهای بازرگانی، سوابق ترخیص مکاتباتی و اطلاعات بازرگانی نگهداری‌شده به‌وسیله اشخاص حقیقی و حقوقی که به‌طور مستقیم و یا غیرمستقیم در واردات و صادرات کالا دخالت دارند، اقدام کند.
تبصره ۱- حسابرسی پس از ترخیص به‌وسیله حسابرسانی که در امور گمرکی مهارتهای لازم را دارند، انجام می‌شود. گمرک در صورت لزوم می‌تواند از خدمات سازمان حسابرسی (وابسته به وزارت امور اقتصادی و دارایی) یا موسسه‌های حسابرسی مورد تایید سازمان حسابرسی یا جامعه حسابداران رسمی ایران نیز استفاده کند.
تبصره۲- به‌منظور عملیاتی نمودن حسابرسی پس از ترخیص، ایجاد واحد حسابرسی پس از ترخیص در گمرک ایران و پستهای سازمانی برای حسابرسان آن الزامی است.
ماده ۲۰۲- گمرک ایران پس از هماهنگی لازم و ابلاغ کتبی به طرف حسابرسی‌شونده حداقل ۱۰ روز پیش از شروع حسابرسی، تاریخ شروع حسابرسی و اسامی گروه حسابرسی را جهت همکاری حسابرسی‌شونده اعلام می‌کند. گروه حسابرسی حداقل از ۴ نفر شامل رئیس، حسابرس ارشد و حسابرسان تشکیل می‌شود. سرپرست گروه حسابرسی در اولین جلسه حسابرسی باید مدت زمان تقریبی برای انجام حسابرسی و تاریخ پایان آن را جهت اطلاع حسابرسی‌شونده اعلام کند و چنانچه به دلایلی تمدید این مدت لازم باشد، باید قبل از پایان زمان به وی اعلام شود.
تبصره- پس از ابلاغ برنامه حسابرسی به طرف حسابرسی‌شونده، وی می‌تواند حداکثر ظرف ۵ روز از تاریخ ابلاغ با ارائه دلایل و مدارک مستند به‌صورت کتبی درخواست به تعویق انداختن برنامه حسابرسی پس از ترخیص بکند. رئیس کل گمرک جمهوری اسلامی ایران و یا شخصی که از طرف وی تعیین می‌شود، می‌تواند پس از بررسی درخواست و دلایل عنوان‌شده در موارد استثنایی با به تعویق انداختن حسابرسی پس از ترخیص موافقت کند.
ماده ۲۰۳- گمرک ایران در صورت لزوم می‌تواند اطلاعات مورد نیاز اشخاص تحت حسابرسی را از مراجع دولتی و غیردولتی مرتبط درخواست کند و مراجع یادشده موظف به همکاری کامل و پاسخگویی به گمرک می‌باشند.
ماده ۲۰۴- صاحبان کالا، شرکتهای حمل و نقل، کارگزاران گمرکی و سایر اشخاص ذیربط که فهرست آنها به‌وسیله گمرک ایران اعلام خواهد شد، باید دفاتر و سوابق معاملات مربوط به کالاهای خود را به مدت ۳ سال از تاریخ صدور سند ترخیص جهت حسابرسی نگهداری و پس از درخواست کتبی در اختیار گمرک قرار دهند.
ماده ۲۰۵- ارائه نشدن سوابق و دفاتر مربوط جهت انجام حسابرسی پس از ترخیص و یا خودداری از ارائه آنها به‌‌رغم اعلام کتبی گمرک به اشخاص حسابرسی‌شونده و استفاده از اسناد خلاف واقع جهت ترخیص کالا، مشمول جریمه معادل ۲ تا ۳ برابر ارزش کالای مورد بررسی خواهد شد.
تبصره- چنانچه در اثر بروز حوادث طبیعی (قوه قهریه) حسابرسی‌شونده نتواند سوابق، اسناد، اطلاعات و دفاتر مالی درخواستی را جهت حسابرسی در اختیار گمرک قرار دهد، شخص مذکور مشمول پرداخت جریمه نخواهد بود.
ماده ۲۰۶- گمرک ایران موظف است پس از تکمیل حسابرسی، گزارش رسمی کتبی مربوط را ظرف ۶۰ روز از تاریخ پایان حسابرسی تهیه و یک نسخه از آن را جهت اطلاع و اقدام لازم به شخص حسابرسی‌شونده به نشانی اقامتگاه وی ابلاغ کند.
تبصره- سرپرست گروه حسابرسی موظف است در آخرین روز حسابرسی ضمن برگزاری جلسه پایانی با اشخاص حسابرسی‌شونده، صورتجلسه پایانی حسابرسی را همراه با ذکر نام و عنوانهای حسابرسی‌شوندگان، مکان و تاریخ انجام حسابرسی و امضای هر یک از اعضای گروه حسابرسی تهیه و یک نسخه را به حسابرسی‌شونده تسلیم کند.
ماده ۲۰۷- رسیدگی به اعتراضها نسبت به گزارش پایانی حسابرسی و جرائم تعیین‌شده در صلاحیت کمیسیون رسیدگی به اختلافهای گمرکی خواهد بود. اعتراض‌کنندگان ظرف ۳۰ روز از تاریخ ابلاغ کتبی گزارش پایانی حسابرسی پس از ترخیص می‌توانند دلایل اعتراض خود را به تفکیک موضوع (ارزش، تعرفه و مقررات) به‌صورت کتبی به گمرک ایران تسلیم کنند. گمرک ایران موظف است به اعتراض رسیدگی نموده و چنانچه دلایل عنوان‌شده در اعتراض موجه و مورد پذیرش قرار گیرد، گمرک نسبت به اصلاح و تعدیل گزارش حسابرسی اقدام خواهد نمود و در غیر این‌صورت، دلایل رد اعتراض به‌صورت کتبی توسط گمرک به طرف حسابرسی‌شونده ابلاغ خواهد شد. طرف حسابرسی‌شونده ظرف ۱۰ روز از تاریخ ابلاغ دوم گزارش نهایی حسابرسی گمرک می‌تواند درخواست ارجاع پرونده به کمیسیون رسیدگی به اختلافهای گمرکی را بکند. ارجاع پرونده پس از گذشت مهلت ۳۰ روز از ابلاغ اولیه یا ۱۰ روز از ابلاغ ثانویه مقرر، منوط به تامین مبلغ مطالبه‌شده خواهد بود.
تبصره – حسابرسان گمرک ایران موظفند پس از انجام رسیدگیهای خود و شناسایی نقصها، مراتب را طی گزارش کتبی جهت اصلاح سیستم، ثبت و بایگانی و اقدامهای پیشگیرانه بعدی منعکس کنند. پس از پایان و تکمیل گزارش حسابرسی و صدور نظر قطعی گمرک برای هر یک از طرفهای حسابرسی‌شونده، به‌صورت محرمانه شماره‌ای مبنی بر رتبه خطر آنها تعیین خواهد شد که این شماره مبنای ارزشیابی فعالیتهای مدیریت خطر طرف حسابرسی‌شونده قرار خواهد گرفت.
ماده۲۰۸- چنانچه طرف حسابرسی‌شونده پس از انجام حسابرسی پس از ترخیص و تسلیم گزارش نهایی مربوط و صدور رای قطعی، مشمول پرداخت جریمه تشخیص داده شود، در صورت خودداری شخص از پرداخت آن، گمرک موظف است از طریق اعمال مواد ۷ و ۸ قانون، جریمه را وصول کند.